由於感染的病原體、損傷範圍、程度存在差別，所以預後也會不同。對於病毒性腦炎的患者，早期經過積極的治療，在7-10天一般可以恢復正常。

但是對於損傷範圍廣泛、同時合併顱腦器質性損害的患者，如腦軟化、腦電圖異常等，都提示預後不良。當患者昏迷時間超過7天以上，一般預後不好。