引起腦炎的致病菌通常有病毒，最常見的就是單純皰疹性腦炎。正常情況下，半月神經節可能會有病毒潛伏，當人勞累或者情緒低落等抵抗力低下的情況下就可能出現逆行性的感染，就是病毒沿著神經逆行到了腦子裡出現病毒性腦炎的情況。另外還有血行感染，比如肺結核、細菌性肺炎等，當雙球菌感染肺部沒有較好的控制時，細菌沿著血進入腦組織並且在腦組織當中定植就可能出現細菌性的腦炎。另外，還有真菌、病毒、螺旋體等都可能導致腦炎，比如梅毒。梅毒到了3-4期之後，如果治療不佳也可以進入中樞神經系統而出現梅毒性中樞神經系統感染，就是螺旋體腦炎。所以總體來說，腦炎的感染途徑主要是三個：
1、通過呼吸道進行傳播；
2、通過血行傳播；
3、沿著神經進行傳播；
4、比較少見的情況可能是鄰近組織化膿性的感染，比如鼻竇、乳突出現了比較嚴重的感染並且控制不好的時候也會波及到腦子而出現相應的腦炎。