如果出現反覆頭疼、發熱，不一定是腦炎，先要看除了大腦以外其它地方沒有發現感染。如果排除了其它系統的感染，在腦炎不能除外的情況下，應該進行腰穿看腦脊液裡的白細胞情況。如果腦脊液中出現白細胞的升高，還有腦脊液的糖降低或者蛋白升高，這種情況就提示中樞神經系統感染。

除了腰穿檢查，還可以進行腦的核磁或者CT增強掃描。如果患者伴有頭疼、發熱的症狀，同時還有腦膜強化的表現，從很大的概率上還是提示中樞神經系統感染的可能。因為發熱時在體溫升高到一定的情況下可以影響頭的疼痛敏感結構，同時發熱之後血流速度快、血管擴張也會有輕微的頭痛。這種情況下還是要首先考慮是不是有外周的感染，其次再考慮有沒有中樞神經系統的感染。