亞急性硬化性全腦炎是比較遺憾的病，死亡率較高，大約有80％的患兒可能會在發病1-2年之後症狀逐漸進展，最後因治療無效死亡。因為現在針對麻疹病毒，沒有特別好的療法，臨床上主要是積極的對症治療，防止併發症，比如有癲癇抽搐的患兒，可能會給予抗癲癇的治療，有腦水腫的情況就給予脫水降顱壓的治療。當出現錐體外系症狀的時候，比如肌張力高，可以給予相應的藥物來治療。

但是總體上來說，這些藥物僅僅是起到支持、對症治療的作用。針對麻疹病毒的治療，現在沒有特效的藥物，並且預後也比較差，死亡率非常高。所以對於亞急性硬化性全腦炎，應該按照國家的預防措施儘早注射相應的疫苗來減少發生。