自身免疫性腦炎是免疫系統異常引起腦部出現相應的症狀，也會出現相應的抗體。對於自身免疫性腦炎的病因，尤其是青年女性，最常見的就是卵巢畸胎瘤，男性可能會有縱隔的生殖細胞腫瘤，也是比較常見的原因。對於老年人來說，自身免疫性腦炎也可以繼發於腫瘤，比如小細胞肺癌等。

對於青年人出現自身免疫性腦炎，可能要重點進行腫瘤的篩查，可以進行盆腹腔的CT、核磁檢查或者胸部的CT平掃，查找有沒有相應的腫瘤。如果沒有腫瘤，可能就是身體的免疫器官的異常，所以自身免疫性腦炎最常見的原因可能是腫瘤和自身免疫的異常。