顱腦手術後顱內感染的發生率在3％左右，大多數顱內感染是由於患者體表的毛囊、皮膚上的常駐細菌所致，也就是屬於常見致病菌。出現這種顱內感染並不需要過於緊張，採用常規能進入顱內的抗生素，經過正規療程的治療往往能夠控制。

但是也有部分顱內感染會成為難治性顱內感染，其致病菌多是少見的院內感染，也就是超級細菌或廣譜耐藥的細菌。這種情況相對比較棘手，往往需要採用非常規的手段。除了根據致病菌的類型選擇特殊的抗生素外，可以輔助促進腦脊液廓清的手段，比如腦脊液引流之類的外科方法，經治療後大部分難治性顱內感染也可以得到很好的救治。但很遺憾的是目前極少數廣譜耐藥致病菌導致的顱內感染，患者仍然有比較高的致死率，這也是今後努力的方向。