化膿性腦炎和病毒性腦炎，後遺症有共性。化膿性腦炎治療時間過久，或感染症狀過重，沒有得到很好治療時，腦細胞發生不可逆損害，就會引起後遺症，比如癲癇、智能障礙、精神症狀，包括偏癱、腦積水都是該病後遺症。預防後遺症，懷疑患有腦炎病人要儘早到醫院就診，到正規醫院治療，能及時行腰穿及頭顱磁共振影像學檢查，找到病原學，及時給予對症處理，處理及時可能防止感染後遺症。