腦電圖對於腦炎檢查是非常重要的輔助手段，但並不是確診的唯一輔助手段。腦炎診斷主要是靠臨床表現，同時結合腦電圖、影像學等。如果腦炎引起腦實質損害，如果嚴重，可能在腦電圖有異常表現，比如腦電圖出現尖波、慢波，嚴重可能會出現雙向波，但是有些輕微病毒感染可能隻影響腦皮層或腦膜，這時患者腦電圖表現正常。但如果有頭痛、發熱等症狀，甚至查出有腦膜刺激徵，根據臨床依然能診斷腦炎。腦電圖在腦炎診斷中有著非常重要的輔助診斷價值，通常反映腦電波活動，正常或異常可提示腦神經功能損傷。因此對於腦炎損傷神經元疾病，有著獨特的診斷價值。