在心源性腦栓塞的超急性期，即發病後六小時內，應該儘快使用溶栓藥物，時間是使用溶栓藥物的第一指徵，如臨床上目前常用的溶栓藥阿替普酶、尿激酶，要求在一定的時間內使用，超過這個時間就沒有機會進行溶栓治療。神經科醫生會根據病情選擇合適的靜脈溶栓藥物，爭取儘快溶解血栓，如果超過六小時，大部分病人不能溶栓，可以選擇神經介入手術。一定要在發病後第一時間急診入院，目前，大部分醫院都設有卒中中心，保障患者第一時間接診，以最短的時間使用溶栓藥物。溶栓時要注意病人的血壓、血糖不能太高，在一定的合理範圍內，血常規、凝血功能正常，沒有出血傾向，沒有長期口服影響凝血的藥物，沒有在近期做過較大的手術，對於比較大的血栓，藥物難以溶開的，要儘快在溶栓後進行神經介入手術機械取栓，栓子取出來以後，血管就能再通。