心源性腦栓塞急性期的病死率是5%-15%，病死率較高，死亡原因多數是腦栓塞後嚴重腦水腫引起的腦疝，以及合併症、肺炎和心力衰竭、呼吸衰竭等。心源性栓塞相對於其它類型的腦卒中，比較容易發生梗塞後出血轉化。如果出血量大，形成血腫，導致病情加重；另外心源性腦栓塞容易復發，10%-20%的病人短期內發生第二次栓塞，這些復發的患者病死率更高。因此，急性期儘快溶栓、積極治療，穩定期採取抗凝治療，預防腦栓塞再發，可以明顯改善腦栓塞病人的預後。大部分患者經過規範治療後的情況是好轉和穩定的，所以神經科專科的規範治療和預防對心源性腦栓塞的預後非常重要。心源性腦栓塞栓子小，及時溶栓，梗塞面積小的預後較好，栓子大、沒有及時溶栓、梗塞面積大的病人預後相對較差。