心源性腦栓塞分為急性期、恢復期和穩定期，具體掛哪個科室，需要根據病情決定。血流在急性期突然中斷，血栓堵塞血流的時間越長，腦細胞缺血壞死就越多，後遺症越重，時間就是大腦，需要爭分奪秒儘快治療，所以急性期突然發病，不建議在門診排隊掛號，應立即撥打120急診入院，通過急診綠色通道進入醫院的卒中中心進行溶栓治療，卒中中心通常設在醫院的神經內科，如果需要手術，是由接診醫師聯繫，安排神經介入醫師來進行手術。如果出現大面積的梗塞，發生了腦疝，需要進行去骨瓣減壓術，由接診醫師聯繫、安排神經外科的醫師進行去骨瓣手術，在病情恢復期、穩定期，需要長期預防和隨訪觀察，應該就診神經內科。