目前根據移植物的不同可以分為骨髓來源，也可以分為造血幹細胞來源，也可以來源於臍帶血，所以骨髓移植與造血幹細胞移植是兩種不同的移植物。骨髓移植往往是從供應者體內進行直接採集，而造血幹細胞的移植往往是對供應者進行處理之後，用細胞分離機把供應者體內的造血幹細胞採集出來，所以骨髓移植與造血幹細胞移植只是因為移植物的不同而進行區分。

在治療的過程中各有優點，各有缺點，因為採集骨髓的過程中除有造血幹細胞以外，還有間充質幹細胞，在患者體內更加容易成活，造血恢復的時間可能更快。造血幹細胞的移植主要通過機器採集供應者體內的造血幹細胞，不含有間充質幹細胞以及其的血液細胞成分，所以進入患者的體內之後所產生的排異，包括恢復時間可能比骨髓移植稍慢，但是二者都可以治療惡性血液病，也都是移植的主要移植物，目前都在廣泛的使用之中，但造血幹細胞更多見。部分單位對於半相合移植，使用骨髓+外周血幹細胞一起回輸給患者。