治療植物神經紊亂藥物主要為抗焦慮、抗抑鬱藥物，可以輔助部分中醫中藥進行治療。對於抗焦慮、抗抑鬱藥物，臨床上常用如鹽酸舍曲林、西酞普蘭、艾司西酞普蘭，以及文拉法辛、度洛西汀、米氮平、奧氮平等。

應用抗焦慮、抗抑鬱藥物時，為更好地起到治療效果，常會加用增效劑，如喹硫平、黛力新等藥物，以儘快起到治療效果，同時也能減輕此類藥物剛開始服用時的副作用，減少患者不適感。除此類藥物以外，臨床上還存在中醫中藥，如安神補腦液、烏靈膠囊等，也具有一定治療作用。