植物神經紊亂在醫學上較難診斷。其診斷屬於排除性診斷，通過排除其他疾病來診斷。

1、心臟植物神經紊亂：如果有心慌、胸悶等，則需排除心內科疾病，檢查心臟超聲、心電圖、心肌酶、肌鈣蛋白，未發現異常，患者可能患有心臟神經官能症，由心臟植物神經紊亂引起；

2、軀體形式障礙：如果有頭痛、頭暈、噁心、嘔吐、失眠、心緒不寧等，檢查未發現腦內、甲狀腺等有異常，患者可能有輕焦慮和抑鬱、煩躁的表現，僅有軀體上的表現，屬於軀體形式障礙；

3、植物神經紊亂：還有部分患者有噁心、嘔吐等，但胃鏡、腸鏡等檢查未發現病變，進一步於神經科就診，完善相關檢查，仍未發現異常，可能是由於植物神經紊亂造成。

所以植物神經紊亂一般屬於排除性疾病，患者出現症狀，專科醫生排除相關疾病後，可考慮為該疾病。如考慮為植物神經紊亂引起，常應用抗焦慮、抗抑鬱的藥物，可取得較好療效。