流腦和乙腦均屬於中樞神經系統感染性疾病，並均屬於傳染病，常見區別有以下幾種：

一、傳染特點：

1、流腦：是由腦膜炎奈瑟氏菌，病人作為傳染源，通過呼吸道感染的疾病，常在冬、春季發病；

2、乙腦：屬於蟲媒傳染病，傳染源是豬，通過蚊子叮咬來傳播乙腦病毒。蚊子叮咬病豬後再攜帶乙腦病毒叮人，便會造成人的感染。乙腦產發在夏、秋季；

二、症狀：

1、流腦：主要表現為發熱、全身痠疼、頭疼、乏力、食慾不振等明顯的全身中毒症狀。較為突出的表現是全身有瘀點，或瘀斑的皮疹，同時伴有頭疼、嘔吐，甚至由於顱內壓增高，而出現噴射性嘔吐。病人會有頸項強直、布氏徵陽性、克氏徵陽性，又為腦膜刺激徵。流腦病人通常是化膿性的腦脊液，即混濁、黏稠的腦脊液，另外白細胞和中性粒細胞升高會比較明顯；

2、乙腦：主要表現是發熱、頭疼、意識障礙，部分病人會有呼吸急促、紫紺、缺氧等呼吸衰竭表現。乙腦病人的腦脊液，是漿液性腦脊液，即稍微混濁、稀薄；

三、治療：

1、流腦：主要是通過應用抗生素，常用的抗生素是通過青黴素靜脈點滴治療；

2、乙腦：其治療沒有特效藥，主要是對症治療，包括降溫、止抽，以及預防呼吸衰竭等。