中醫治療腎盂腎炎是按照腎盂腎炎的症狀和體徵來進行治療的。

腎盂腎炎在中醫中屬於淋病和腰痛的範疇，一般分為急證及虛證。一般急證是急性發病，一般以溼熱蘊結為主。虛證則屬於病情反覆發作之後，導致正氣虧虛所導致的虛實夾雜的病症。一般實證多屬於溼熱為主，治以清熱利溼為主。虛證則伴有多腎虛，伴有下焦溼熱。治療以益腎為主，同時注意清熱利溼。實證的治療一般以八正散來進行加減清熱利溼，治療效果比較好。而虛證的治療一般是以知柏八味丸，來進行益腎清熱的治療。

同時在中醫治療腎盂腎炎的過程中有一些中草藥，效果也非常好，如車前草、紫花地丁以及穿心蓮、白花蛇舌草等這些單味的中藥，在治療中醫腎盂腎炎的過程中，也有明顯的治療效果。