多囊腎患者常用的降壓藥物首選是血管緊張素轉換酶抑制劑和血管緊張素Ⅱ受體拮抗劑，也就是ACEI和ARB類藥物，這一類的藥物包括卡託普利、雷米普利、纈沙坦、厄貝沙坦、氯沙坦等藥物。還可以使用利尿劑、鈣離子通道拮抗劑、α和β受體拮抗劑等降壓藥物控制血壓。

對於藥物不能控制的高血壓病，可考慮使用腎囊腫去頂減壓術和腎臟切除術。由於高血壓是導致多囊腎患者腎臟功能惡化的危險因素之一，所以應將多囊腎患者的血壓儘量控制在目標值範圍內，目標值為130/80mmHg。