臨床瞳孔縮小的情況很少，神經科比較有關的疾病叫Horner綜合徵，最常見的因素是頸椎病，尤其是手術後或頸部腫瘤壓迫到頸交感神經鏈，導致同側瞳孔縮小、眼裂變小、同側面部無汗。但不是一個單獨的疾病，為伴隨其它疾病而出現的症狀，這是神經科瞳孔縮小較常見的疾病。

還有有機磷中毒，即農藥中毒可以導致瞳孔縮小，有機磷中毒會用大量阿托品對抗，治療有效的標誌之一是瞳孔擴大，說明對抗毒物的用藥量已經足夠。臨床更容易重視的還是瞳孔擴大，比如顱內動眼神經或眼睛處動眼神經受到損害可以導致瞳孔擴大，視力下降、眼睛感光細胞破壞、失明時瞳孔會擴大。