吉蘭-巴雷綜合徵大部分預後良好，病情一般在2周左右達到高峰，90%以上的患者在4周以內停止發展。大多數患者經過治療以後，病情在數天到數週以後開始恢復，少數患者在病情恢復過程中出現波動、有再次加重的情況。多數患者神經功能在數週以及數月內基本恢復，病情嚴重的患者如果出現軸突損害，可以遺留持久的神經功能障礙，比如遺留肢體無力、行走困難、手的精細活動不靈活、肢體末端麻木等。對疾病早期診斷、及時有效的治療，以及隨著目前機械通氣重症監護技術以及免疫治療的廣泛應用。

目前吉蘭-巴雷綜合徵的死亡率非常低，一般在3%左右，主要的死亡原因是呼吸肌麻痺、呼吸衰竭、感染、低血壓、嚴重心律失常等。所以對呼吸困難的患者要嚴密觀察呼吸情況、保持呼吸道通暢。有氣管分泌物過多、咳痰費力、要儘早氣管插管、氣管切開，必要時應用呼吸機。如果發現低血壓、心律失常等，要及時處理。