結核性腦膜炎治療比較複雜，主要原則是要足量、聯合、長期用藥。選用的藥物也有很多毒副作用，常用異煙肼、利福平、鏈黴素、吡嗪酰胺，整個使用有一定規範性，通過藥物相互配合作用，進行專業治療。在治療過程中，需要進行不斷監測，避免出現肝腎功能損害、血常規損害。

對於嚴重疾病，比如結核性腦膜炎，治療效果較差，可能還需要進行腰穿進行腦脊液置換、鞘內注射，整個治療還需要根據專科醫生、患者情況還有機體本身能否耐受治療有關。所以對於結核性腦膜炎患者，建議到專科醫院進行治療。