肌張力障礙根據病因、表現分型，其治療方法不同，治療過程非常複雜，根據病因可分為原發性和繼發性，原發性肌張力障礙主要和遺傳有關，而繼發性由一組疾病造成。遺傳性疾病如肝豆狀核變性、舞蹈病以及神經節苷脂病，在臨床上無法達到治癒，需要長久治療，即需要終身治療。有些患者因為療效差，患者有可能因這種疾病而死亡，而外源性因素所造成的肌張力障礙，如圍產期感染或應用藥物，這種情況下可以通過藥物進行治療，一般以緩解症狀和治癒為目標，部分患者可以達到很好的緩解效果。

此外，對於局灶性肌張力障礙，還可以局部注射肉毒素，經藥物和肉毒素治療多年無法治癒或療效較差的患者，稱為難治性肌張力障礙，這種患者可以考慮進行手術治療，如腦起搏器治療。腦起搏器治療一般終生治療，國外報道個別病例經過短期的1-3年治療後停用腦起搏器的患者，但在臨床治療過程中，一般98%以上的患者需要終生治療。