一般情況下肌張力障礙是不能自愈的疾病，肌張力障礙是一種慢性進展性運動功能疾病，不同原因有不同預後。對於已知病因的肌張力障礙，針對病因治療非常關鍵，如果是氟哌噻噸美利曲辛、胃復安、利血平、氟桂利嗪這些藥物引起，停用藥物對症治療以後可能達到治癒效果。對於扭轉痙攣起病的全身性肌張力障礙，診斷明確後DBS手術治療可以達到80%-90%改善。多巴反應性肌張力障礙，只要小劑量的左旋多巴，可以起到非常明顯的效果，比如用藥治療前各種怪異動作，或者足外翻、足內翻，手不自主運動，用藥以後得到明顯改善，有的人只吃1/4藥物，症狀基本上能完全緩解。

發作性異動症這類病，使用小劑量卡馬西平效果也非常好，這類疾病可能到一定年齡後症狀基本消失，也是跟遺傳相關的一類疾病。肝豆狀核變性引起的肌張力障礙，需驅銅治療，對症藥物治療會得到很大程度改善，但是這類疾病需要終身治療。全身性肌張力障礙、局灶性肌張力障礙，都可以給予口服藥物，局部肉毒毒素的注射、鞘內注射巴氯芬。肉毒毒素效果都不好的情況下，可以考慮DBS手術治療，配合康復治療，還有心理干預，可以幫助病人得到很大程度緩解。