診斷為肌無力綜合徵意味著患者存在潛在腫瘤，所以首先應該治療原發病。針對原發腫瘤治療可以使神經系統症狀得到改善，尤其是小細胞肺癌。若發現原發性佔位，患者應該進行病因治療，比如進行手術、深部放療和化療等方法可緩解腫瘤症狀，並且可能同時會改善肌無力導致的神經系統症狀。

手術切除肺癌即使對原發病無益，但也常常可以改善肌無力症狀。如果沒有合併腫瘤的證據，則應該加強隨訪，通常需要隨訪三年以上，定期複查。也可能存在腫瘤體積過小，臨床影像學並不能發現腫瘤的情況。肌無力綜合徵的藥物治療包括以下幾個方面：

1、症狀方面的治療，可以應用乙酰膽鹼釋放增強劑，例如3,4-二氨基吡啶可以增加神經肌肉接頭處突觸前膜的乙酰膽鹼釋放，但是這藥目前國內沒有，因此常常選用膽鹼酯酶抑制劑溴吡斯的明來代替；而膽鹼酯酶抑制劑通常效果不佳，僅對個別患者有效果。

2、如果上述治療無效，可以考慮啟動免疫治療，可應用免疫抑制劑、血漿置換或者免疫球蛋白衝擊治療；與其它類型的神經系統副腫瘤綜合徵不同，血漿置換和免疫抑制劑治療存在一定的治療效果；

3、目前採用中藥聯合靶向單抗免疫療法治療有效，患者肌力可以完全或者部分恢復，且預後良好。