肉眼血尿與鏡下血尿的區別就是出血量多少的區別，如果出血量比較多，尿液中的紅細胞數目比較多，可以表現為尿液顏色發紅。眼睛觀察即可發現尿液異常，比如色發紅伴有洗肉水樣顏色或者出現顏色淡紅、粉紅等，均可稱之為肉眼血尿，但是鏡下血尿指出血比較輕微，尿液中存在紅細胞數目超標的情況，但是並不會出現使用肉眼觀察時，尿液顏色發生異常的變化。

外觀檢查與正常尿液並沒有差別，但是通過顯微鏡檢查，每高倍視野下紅細胞數目大於3個，此時稱之為鏡下血尿，均屬於泌尿系統出血的改變，但是病因不明。肉眼血尿往往由於出血比較多，所以造成肉眼發現的血尿，而鏡下血尿往往出血比較少而導致，只能用顯微鏡觀察到血尿，不能用肉眼觀察到血尿。