腦囊蟲病症狀較複雜，疾病侵犯大腦不同部位可出現不同症狀。常見症狀為癲癇發作，為繼發性癲癇，可表現為頭痛、噁心、嘔吐，以及肢體癱瘓、神經衰弱、失眠、記憶力減退等症狀，甚至可出現痴呆表現。

此外，腦囊蟲病引起脊髓損害時，可出現腦積水、顱壓增高、視物不清，甚至黑蒙、視乳頭水腫等。因此，腦囊蟲病臨床表現較複雜，可出現多種中樞神經系統症狀。