判斷腦內有無寄生蟲，首先需進行影像學檢查，除CT檢查以外，還需進行頭部磁共振檢查以發現顱內相應病變。有時還需做腰椎穿刺輔助診斷，檢查腦脊液來判斷有無寄生蟲感染，比如腦脊液嗜酸性粒細胞是否增高。對於僅有腦實質病變而無相應腦脊液改變的患者，有時需藉助神經外科手術或神經外科的立體定向穿刺活檢，以確定患者是否存在顱內寄生蟲感染。

如果寄生蟲感染為侷限性的病灶或者在顱內較表淺的部位，一般需依靠神經外科醫生手術將病灶切除，並做病理檢查進行確診。