自身免疫性腦炎患者度過急性期後，部分患者可遺留一系列後遺症，對其生活質量和迴歸社會產生較大影響，常見後遺症如下：

1、癲癇發作：急性期癲癇發作者使用免疫抑制劑、免疫調節劑治療後效果明顯，大部分患者能夠得到控制，部分患者遺留慢性癲癇，需按照癲癇診療原則進行治療；

2、認知記憶功能障礙：輔助進行神經康復，包括作業治療、認知康復訓練，有助於恢復；

3、心理障礙：如焦慮、抑鬱。