腔隙性腦梗死是指大腦半球或腦幹深部，小穿支動脈閉塞引起。病變特點是在影像學，表現為直徑約2mm-1.5cm的病灶。治療遵循腦梗死的治療原則，腦梗死總治療原則為採取抗血小板聚集、降脂、穩定斑塊，促進側支循環建立進行治療措施。

但急性發生腦梗死患者，如果在時間窗以內，即發病4.5小時以內，稱為超早期發病患者。若能在時間窗內到醫院，一般可以進行靜脈溶栓治療。較嚴重例如腦栓塞患者，可以採取溶栓以後，橋接取栓方法進行治療。對於腦梗死的二級預防，可以採取同樣的措施。

患者一旦發生腦梗死，腦梗死複發率較高。大部分患者發生腦梗塞以後自行停藥，此時很容易導致腦梗死復發。所以主張如果患者以前存在腦梗死病史，現在應該積極採取預防措施。患者沒有心房顫動可以服用阿司匹林和他汀類藥物進行二級預防。如果存在心房纖顫患者，主張患者口服抗凝藥物進行二級預防。