由於偏頭痛的病因和誘發因素不同，如果在去除了偏頭痛的主要誘發因素後，偏頭痛可以不再復發，這個時候可以說是自愈，比如有的患者偏頭痛發作可能就是跟失眠、疲勞有關，患者在改善了睡眠之後偏頭痛不再發作了，就是偏頭痛自愈。再比如部分女性患者在絕經之後偏頭痛也不發作，這個也稱為偏頭痛自愈。當然也有部分偏頭痛跟基因遺傳相關，基因不能改變，所以這種類型的偏頭痛就無法根治，但可以用藥物有效控制它的發作。

臨床上常常聽到很多患者和醫生提到血管神經性頭痛，實際上在國際頭痛分類裡面已經沒有這麼一個名稱，原來的血管神經性頭痛現在多數時候指的是偏頭痛。從醫學上而言，由於偏頭痛的發病機制還不十分明確，所以目前沒有根治的藥物，但藥物可以減輕或終止頭痛發作，預防頭痛復發。

儘管部分偏頭痛不能根治，但大多數偏頭痛的預後還很好。所以得了偏頭痛也不用過於擔心，可以積極去找到誘發偏頭痛的誘因，比如是否跟一些食物藥物有關、是否和天氣、睡眠、情緒等因素有關，然後儘量避免這些誘因，這對於偏頭痛的自愈都有一定的幫助。對於一些沒有明顯誘因的偏頭痛，可以配合藥物治療也能控制發作。隨著年齡的增長，大部分患者症狀都會減輕，或者停止發作。