纖維肌痛綜合徵的發生與神經遞質分泌異常、中樞神經系統異常、睡眠障礙、免疫紊亂、心理因素、遺傳因素有關。目前的治療主要致力於改善睡眠狀態、解除患者焦慮抑鬱狀態、減低痛覺感受器的敏感性、改善肌肉血流等。

使用小劑量的三環類抗抑鬱藥物，如阿米替林以及肌松劑，環苯扎林等藥物，同時配合心血管的運動鍛鍊行為認知治療，病人教育，或者這些治療方法的組合來治療纖維肌痛綜合徵，能夠獲得明確的療效。耐力訓練、按摩、針灸等都有一定的效果。