支原體感染的治療需要看具體的支原體種類以及感染的部位，常見的支原體感染有可能是肺炎支原體所導致的呼吸道的感染，有可能僅僅出現上呼吸道感染的症狀，如果病情不重，大多數僅用對症治療就可以；對因治療這方面，可以使用大環內酯類的阿奇黴素、左氧氟沙星、四環素、多西環素這一類的抗生素進行治療。如果症狀比較嚴重，導致了下呼吸道感染，甚至有明顯的肺炎，就需要應用對因治療，也需要配合著對症治療來進行。

支原體也有可能指的是解脲脲原體、人型支原體、生殖支原體這一類的支原體，不會感染呼吸道，而是會感染泌尿生殖道，表現出非淋菌性尿道炎的症狀，比如出現尿頻、尿急、尿痛、尿道有稀薄的分泌物，這時相應的病原治療，仍然可以使用以上的抗生素。