支原體感染引起了發燒，需要進行規範的抗生素抗感染治療。早期使用適當的抗菌藥物可以減輕症狀以及縮短病程。支原體的感染有自限性，多數的病例不經治療可以自愈。大環內酯類的抗菌藥物是首選，比如紅黴素、羅紅黴素以及阿奇黴素。喹諾酮類的藥物，比如左氧氟沙星、加替沙星和莫西沙星，還有四環素類的藥物，也能夠用於肺炎支原體的治療，療程一般在2-3周左右。

因為肺炎支原體沒有細胞壁，所以青黴素或者頭孢菌素類的抗菌藥物對支原體是沒有效果的。針對劇烈的嗆咳，應該給予鎮咳藥。若繼發其他的細菌感染，可以根據病原學檢查選用針對性的抗菌藥物進行治療。