大多數肺栓塞能夠治好，肺栓塞如儘早發現，經過系統規範的治療，一般能夠取得較好治療效果。部分病人肺栓塞發現較晚，且治療不規範，血栓不能得到有效吸收，引起慢性血栓栓塞性肺動脈高壓，對心臟造成較大負擔，從而引起心臟肥大的繼發改變，甚至引起肺心病改變。

此時治療手段包括，進行肺動脈血栓的剝脫，一般在大型醫院可進行開展，對於遠端小肺動脈的栓塞，可進行球囊擴張，可獲得較好的臨床治療結果。