肺栓塞的治療時間至少需要3個月的抗凝治療。選擇抗凝藥物以後，患者會選擇不同的抗凝藥物，過程中會監測患者的凝血或者新型抗凝藥是不需要監測的，但是整體治療至少3個月。3個月以後會給患者進行病情評估，如果高危因素已經去除了，而且肺栓塞已經好轉，抗凝治療就可結束。

如果患者持續高危因素不能解除，肺栓塞的抗凝治療時間也會延長，時間要根據不同患者的具體情況，個體差異較大。對於特殊的，比如肺栓塞合併下肢靜脈栓塞這樣的患者，會選擇使用下肢靜脈濾器，有的濾器可以取出，有的長期植入。這種患者需要終身抗凝，或者有腫瘤病人抗凝時間也會較長。但是對於沒有風險因素只是獨立肺栓塞的患者，大部分都是在3個月左右可治好。