經過正規治療，大部分肺血栓栓塞可以治好。發生肺栓塞的誘因較多，如女性肥胖、惡性腫瘤、手術和長期臥床制動、風溼免疫性疾病、糖尿病、高血壓、高凝血癥、真性紅細胞增多症、下肢靜脈曲張等。明確引起肺栓塞原因，針對原發病治療，避免反覆發作。如果誘因無法根除，患者可能長期甚至終身需要進行抗凝治療，防止血栓發展和形成新血栓。