先天性肺囊腫治療效果基本上肯定，先天性肺囊腫通過外科醫生的治療，多數都能達到痊癒。

治療以手術為主。好多家長擔心肺囊腫治療以後會不會有後遺症、孩子能不能像正常孩子一樣，這種擔心是不必要的。通過手術治療以後，把肺囊腫去掉，其餘健康肺會代償性生長，可以使之逐漸接近正常孩子，患兒能夠和正常孩子一樣運動、生活、工作。