肺囊腫手術不一定為切除肺葉，只有巨大且病變鄰近肺門時可能需進行肺葉切除。大部分肺囊腫只需局部切除或肺段切除即可解決問題，即切掉一側肺葉病變部位。雖肺囊腫屬於良性疾病，但隨囊腫增大及反覆感染可加重肺功能損害及併發，如麴黴菌感染、出血甚至癌變。內科治療一般僅能改善症狀，無法解決根本問題，應儘早手術治療。

而手術方式依照病變部位、範圍大小和囊腫數目決定。包括侷限一葉肺葉切除，分佈在兩葉多發行複合肺葉切除，多發性囊腫需行一側全肺切除，蜂窩狀毀損者行全肺切除。而位於縱隔者行囊腫摘除，但需注意囊腫與鄰近器官關係，應將囊壁徹底切除。如果與食管、氣管、支氣管存在通道相通，應將通道切除並及時修補食管或氣管、支氣管。