肺囊腫手術一般需進行全麻。部分醫院存在保留患者自主呼吸行肺部手術，即應用基礎靜脈用藥，患者自行呼吸進行手術。但只有部分病例存在適應條件，大部分醫院為在全麻下進行，其較為安全麻醉方式，可保證患者整個手術過程中各項身體機能穩定。而局麻性手術在肺手術中安全性較低。

肺囊腫手術風險和其它肺部手術風險基本相同，主要風險包括感染、出血、支氣管胸膜瘻、呼吸功能不全等。具體可分為手術帶來的併發症和全身性併發症。而肺葉切除併發症包括術後早期出血、術後氣胸、術後胸腔積液、胸腔感染、支氣管胸膜瘻等。即支氣管殘端沒有一期癒合出現支氣管胸膜瘻或肺部感染、肺炎、肺不張等情況。患者若合併基礎疾病，如糖尿病、冠心病、腦梗塞等，也會加大手術期間風險。術後需積極咳嗽、咳痰，以免肺炎、肺不張等併發症發生。還需早期下地活動，以免形成下肢靜脈血栓。