肺囊腫手術因需全麻，故與其它肺部手術風險相同。主要存在感染、出血、支氣管胸膜瘻、呼吸功能不全等風險，同時包括全麻相關風險，即患者術中生命體徵不平穩。具體可分為手術本身帶來的併發症和全身性的併發症。而肺葉切除併發症包括早期出血、氣胸、胸腔積液、胸腔感染、支氣管胸膜瘻等。支氣管胸膜瘻即指支氣管殘端沒有一期癒合出現支氣管胸膜瘻或出現肺部感染、肺炎、肺不張等情況。

而患者合併基礎疾病，如糖尿病、冠心病、腦梗塞等也會加大手術期間風險。術後需積極咳嗽、咳痰，以免肺炎、肺不張等併發症發生。而術後需早期下地活動，以免形成下肢靜脈血栓。且肺部手術術後一般主張患者早期下床多活動，有利於咳痰和術後肺功能恢復，同時有利於胃腸道功能恢復。