通常絕大部分肺囊腫手術不會存在後遺症，目前手術保障方式較為安全。部分患者可能存在術後咳嗽、切口疼痛等不適表現。因患者體質千差萬別，如果合併基礎疾病，如肺氣腫、呼吸功能不全、糖尿病、冠心病等，及患者存在高齡、體質較弱情況，手術風險性增大。而是否需手術、能否手術等均需交給專業醫生進行評估。

肺囊腫術後部分患者會出現疼痛、麻木，與胸部手術入路有關。手術一般經兩肋骨中間肋間走行，肋間一般存在肋間神經，手術會對神經造成刺激導致術後疼痛。術後咳嗽可能在部分患者中較為常見，一般和術中全麻麻醉插管對氣管黏膜損傷刺激有關。而術後一定時期內表現咳嗽、咽喉部不適，通過藥物調理可逐漸緩解改善。