肺囊腫術後疼痛與其它肺部術後疼痛原因相似，原因較為複雜。一般切口疼痛最多見，多與胸壁組織切開、組織損傷及肋間神經受刺激有關。因引流管存在一定粗細才能通暢引流，如果術後引流管沒有拔除，疼痛可能與引流管刺激胸膜有關。若引流管已經拔除，需考慮是否存在胸膜腔炎症刺激，出現胸膜腔感染。而如果引流液出現渾濁，需考慮胸膜腔感染情況，應及時應用抗感染藥物進行相關細菌培養，針對病因治療。且術後疼痛根據患者體質不同，表現不同。其與有關手術過程中有無對肋間進行牽開，因其對肋間神經刺激程度不同，需視情況給予相應鎮痛處理。