咳嗽糖漿開封后需要適當保存，建議擰緊瓶蓋，置於冰箱中密封冷藏，並於1個月內使用完，超過1個月便不建議服用。咳嗽糖漿作為藥物，未開封時屬於無菌狀態，相對較安全，有效期內均可安全使用。但是一旦開封，有可能在取用過程中引入細菌，而造成汙染。

咳嗽糖漿有100mL和50mL等規格，使用時需要傾倒出一部分，此時汙染的容器可能汙染瓶口，空氣中的細菌也可能汙染藥液，因此取用時需要儘量使用乾淨、乾燥的容器。向外傾倒時，如果傾倒過多，也不要再次倒回，以避免汙染藥液，使用後需要將瓶口擰好並妥善保管。如果儲存過程中出現長毛、變質的情況，需要立即停止使用。