支氣管結核診斷依賴於流行病學、病史及臨床表現、結核分枝桿菌、胸部影像學檢查、PPD試驗及支氣管鏡等相關檢查，全面進行分析後做出診斷，氣管、支氣管結核患者臨床表現缺乏特異性，影像學檢查具有侷限性。

目前支氣管結核確診，仍然依賴於支氣管鏡檢查及細菌學或病理學證據，部分患者需纖維支氣管鏡直視下行病變觀察、病變活檢、刷檢，經支氣管肺活檢、支氣管灌注液檢查等，對所獲取標本進行病理組織學、結核菌塗片、分子生物學檢測及結核菌培養等。可以通過吸取痰液、分泌物及支氣管灌洗液細菌學、免疫學、生化學、酶學、微量元素、定量PCR等檢查，提高氣管、支氣管結核診斷水平。