支氣管結核治療方法為全身抗結核藥物化學治療，抗結核治療過程中需要遵循早期、聯合、適量、規律、全程原則。一般使用抗結核治療方案，總療程不少於12個月。在全身抗結核藥物化學治療基礎上，可以選用抗結核藥物霧化吸入；或通過支氣管鏡經氣道局部給藥，以提高局部藥物濃度，有利於控制氣道炎症和氣道引流；臨床還可以進行支氣管鏡介入治療氣管或支氣管結核，使用方法包括氣道內給藥術、冷凍術、球囊擴張術、熱消融術等。氣管或支氣管結核不同類型介入治療技術的選擇側重不盡相同，臨床有時採用多種方法相結合綜合介入治療。

疾病急性期在強有力抗結核藥物全身化學治療基礎上，可以局部或短期使用糖皮質激素。支氣管結核在充分抗結核治療一段時間後，如果存在手術指徵可以考慮手術治療，但術後需要繼續抗結核治療數月。一般支氣管結核治療比單純肺結核治療更加複雜，建議患者到醫院進行全方位系統治療。