支氣管結核屬於結核病的特殊的類型，所以支氣管結核的治療也要遵循結核的十字方針，即早期、聯用、規律、適量、全程。支氣管結核的治療療程至少是1年，經過1年以上的治療後在專科醫生的指導下判斷是否需要停藥。專科醫生可根據患者的臨床表現、影像改變、痰塗片是否轉陰、痰培養是否轉陰等情況，以及患者的其它情況進行綜合評判，醫生如果認為可以停藥才能考慮停藥。

如果患者擅自停藥或者是服藥不規則，患者就容易復發。如果支氣管結核復發，則需要找專業醫生正規評估是否出現耐藥。如果支氣管結核出現耐藥，則需要採用耐藥的治療方案。耐藥支氣管結核的治療療程更長，可能需要1.5-2年。