支氣管結核又可稱為支氣管內膜結合，臨床較少見。支氣管內膜結合的治療通常需依據支氣管內膜結合的損害程度採取不同的治療方法，具體如下：

1、抗結核治療：大多數支氣管內膜結合需接受全身正規的抗結核治療，可三聯或四聯，治療週期較浸潤型肺結核治療週期時間長，可能需12-18個月；

2、依據病理損害採取相應治療：如支氣管內膜結合導致管腔的狹窄，導致管腔中出現新生物肉芽腫，必要時需通過纖維支氣管鏡進行局部的抗結核治療。若部分病灶較狹窄，可能還需通過手術安放支架的方式來協同、輔助對支氣管內膜結合的治療。

支氣管內膜結合的治療主要是在鑑別以及診斷，因為支氣管內膜結合在肺上看不到浸潤的肺結核病灶，但臨床症狀持續存在，病原菌檢查是支氣管內膜結合診斷較有價值的檢查。