支氣管結核的複發率與常規結核病類似，只是支氣管結核的治療時間比普通肺結核更長，而且判斷其療效的手段更多。比如支氣管結核決定其停不停藥的情況下，需要複查支氣管鏡檢查，明確看其改變情況、恢復情況，然後再決定治療時間的長短。
所以支氣管結核只要規則按照結核病治療，規範治癒之後不容易復發，前提是一定要徹底治癒，複發率就會較低。如果治療時間較短，判斷其療效、手段較粗暴，只是單純拍一張CT就停藥、完成療程，沒有在支氣管鏡下檢測，沒有了解支氣管的情況下就停藥，則其複發率會較高。