某些醫院甲狀腺科歸在內分泌科範圍內，也有部分醫院將甲狀腺科分為甲狀腺內科和甲狀腺外科，因此甲亢時通常掛大科中的內分泌科，若存在甲狀腺科，也可以掛甲狀腺科。另外需要關注的是引起甲亢的原因，甲亢是由甲狀腺濾泡細胞分泌過多的甲狀腺激素引起，無需外科手術治療，此時更多的是掛內分泌科。內分泌科能幫助進一步鑑別甲狀腺功能亢進的原因，屬於炎症、自身免疫性甲狀腺炎或其他的甲狀腺腺瘤等。

若甲亢是由自身免疫性甲狀腺炎或其他炎症引起，此時在內分泌科長期隨訪和跟蹤治療，便能解決問題。但對於部分甲狀腺腺瘤或高功能結節所造成的激素分泌亢進，此時可能需要掛甲狀腺外科，因為可能需要甲狀腺外科的醫生，通過手術方法解除高功能腺瘤，此時抗甲亢藥物的內科治療無效。因此需要根據甲亢的情況，先掛內分泌科，內分泌科醫生通過評估病因，進一步確診是掛內分泌科，還是掛甲狀腺外科，有的放矢才能幫助患者更好地控制甲亢。