臨床上並不建議甲亢患者懷孕。甲亢本身為代謝性疾病，可對孕婦心臟及其他器官造成雙重壓力。甲亢也為自身免疫病，不孕不育常見的原因為自身免疫紊亂，因此甲亢患者本身並不易懷孕。甲亢患者治療需服用甲巰咪唑與丙硫氧嘧啶，兩種藥物均可導致胎兒畸形。若患者甲亢控制力較差，抗體水平較高，妊娠20周後，抗體可通過胎盤影響胎兒，則導致新生兒甲亢或胎兒甲亢。

因此甲亢患者應遵從醫生指導，若意外懷孕，需與醫生積極溝通，明確妊娠危害，方可決定能否繼續妊娠。