從內分泌學角度來說，新生兒甲減屬於內分泌疾病，診治最為專業的科室為內分泌科。

雖然新生兒可以掛新生兒科、篩查科，但隨著新生兒年齡增長，到學齡前兒童出現甲減不可再掛新生兒科，一般大齡的兒童也不掛篩查科進行診治，需要到內分泌科就診。新生兒甲減需要掛新生兒科，也可以掛篩查科，但是內分泌科治療甲減相對專業。